Projet SMART
Projet PRRI SMART : Une technologie innovante dans le domaine de l’ « Épitranscriptome ».
Après des décennies de quasi-dormance, le domaine des « modifications de l’ARN » cristallise une effervescence scientifique inédite. Ce renouveau est la conséquence directe d’avancées technologiques récentes, permettant non seulement la détection fine et quantitative de ces modifications, mais également leur « cartographie » au sein des espèces d’ARN.
Le potentiel du domaine émergent de l’ « Épitranscriptome » est exacerbé par différents facteurs :
- Plus de 170 modifications d’ARN ont été recensées à ce jour.
- Les études récentes réalisées sur une poignée d’entre elles ont révélées l’existence d’un « code invisible », affectant l’expression génique et les grandes fonctions biologiques, dans un contexte physiologique et pathologique.
- La plupart des modifications de l’ARN sont conservées dans l’ensemble des organismes vivants.
- Sa potentialité de découverte de nouveaux biomarqueurs de diagnostic, de pronostic et de suivi thérapeutique (Cancer, Neurobiologie).
Le projet SMART (2019-2021), porté par l’Université de Montpellier et le CHU, co-dirigé par le Pr. C. Hirtz (UM/CHU) et le Dr. Alexandre David (IGF), a été financé par la région Occitanie (PRRI) avec les fonds européens pour le développement régional (financement FEDER) à hauteur de 981 433€. Ce projet comprend un chef de projet pour 3 ans (Mme Aurore Attina) et un spectromètre de masse TQ dédié à la réalisation des analyses.
Ce projet PPC-SMART vise donc à développer des méthodes de détection et de quantification par spectrométrie de masse de modifications de l’ARN – prestation unique France – à partir d’échantillons de divers origines (humaine, animale et végétale).
Actuellement, nous détectons 4 nucléosides et 26 nucléosides modifiés au cours d’une analyse LC-MRM de 30 minutes. Et nous continuons à agrémenter cette méthode de nouvelles modifications selon les besoins.
|
Acronymes |
Nom |
Localisation connue (1) |
Phylogénie (1) |
|
A |
Adénosine |
all |
Archaea, Eubacteria, Eukaryota |
|
Am |
2′-O-méthyladénosine |
rRNA, snRNA, snoRNA, tRNA |
Eubacteria, Eukaryota |
|
m6A |
N6-méthyladénosine |
mRNA, rRNA, snRNA, tRNA |
Eubacteria, Eukaryota |
|
m6Am |
N6-2′-O-diméthyladénosine |
snRNA |
NA |
|
m1A |
N1-méthyladénosine |
rRNA, tRNA |
Archaea, Eubacteria, Eukaryota |
|
m6,6A |
N6, N6-diméthyladénosine |
rRNA |
Eubacteria, Eukaryota |
|
m6,6Am |
N6, N6, 2′-O-triméthyladénosine |
NA |
NA |
|
I |
Inosine |
tRNA |
Eubacteria, Eukaryota |
|
C |
Cytidine |
all |
Archaea, Eubacteria, Eukaryota |
|
Cm |
2′-O-méthylcytidine |
rRNA, snRNA, tRNA |
Eubacteria, Eukaryota |
|
m3C |
3-méthylcytidine |
tRNA |
Eukaryota |
|
m5C |
5-méthylcytidine |
mRNA, other, pre-tRNA, rRNA, tRNA |
Eubacteria, Eukaryota |
|
hm5C |
5-hydroxymethylcytidine |
NA |
NA |
|
ac4C |
4-acetylcytidine |
rRNA, tRNA |
Eubacteria, Eukaryota |
|
G |
Guanosine |
all |
Archaea, Eubacteria, Eukaryota |
|
Gm |
2′-O-méthylguanosine |
rRNA, snRNA, tRNA |
Eubacteria, Eukaryota |
|
m1G |
N1-méthylguanosine |
rRNA, tRNA |
Archaea, Eubacteria, Eukaryota |
|
m7G |
N7-méthylguanosine |
rRNA, tRNA |
Eubacteria, Eukaryota |
|
m2,7G |
N2,7-diméthylguanosine |
NA |
Eukaryota |
|
m2,2,7G |
N2,N2,7-diméthylguanosine |
NA |
Eukaryota |
|
oxo8G |
8-oxoguanosine |
NA |
NA |
|
U |
Uridine |
rRNA, tRNA |
Archaea, Eubacteria, Eukaryota |
|
Um |
2′-O-méthyluridine |
rRNA, snRNA, snoRNA, tRNA |
Archaea, Eubacteria, Eukaryota |
|
m3Um |
3,2′-O-diméthyluridine |
NA |
NA |
|
ncm5U |
5-carbamoylméthyluridine |
tRNA |
Eukaryota |
|
mcm5U |
5-methoxycarbonylméthyluridine |
tRNA |
Eukaryota |
|
mcm5s2U |
5-methoxycarbonylméthyl-2-thiouridine |
tRNA |
Eukaryota |
|
Ψ |
Pseudouridine |
rRNA, snRNA, snoRNA, tRNA |
Archaea, Eubacteria, Eukaryota |
|
q |
Queuine |
NA |
NA |
|
Q |
Queuosine |
tRNA |
Eubacteria, Eukaryota |
(1) MODOMICS: a database of RNA modification pathways. 2017 update
Workshop Protéo/Métabolomique
Ce matin, notre responsable technique Jérôme Vialaret, était présent au Workshop Protéomique / métabolomique sur les interactions hôte-vecteur-pathogène à Agropolis International à Montpellier. Il a eu l’occasion de présenter notre plateforme, notamment nos méthodes...
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Aurore Attina
INGÉNIEURE EN SPECTROMÉTRIE DE MASSE - RESPONSABLE DU PROJET SMART
“Bonjour à tous, je suis ingénieure en spectrométrie de masse et j’ai intégré la PPC comme responsable du projet SMART. Mon rôle est le développement et la mise en place de méthodes pour la détection et la quantification des modifications de l’ARN.”
Amandine Amalric
PhD student
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