Projet SMART

Projet PRRI SMART : Une technologie innovante dans le domaine de l’ « Épitranscriptome ».

Après des décennies de quasi-dormance, le domaine des « modifications de l’ARN » cristallise une effervescence scientifique inédite. Ce renouveau est la conséquence directe d’avancées technologiques récentes, permettant non seulement la détection fine et quantitative de ces modifications, mais également leur « cartographie » au sein des espèces d’ARN.

Le potentiel du domaine émergent de l’ « Épitranscriptome » est exacerbé par différents facteurs :

Plus de 170 modifications d’ARN ont été recensées à ce jour.
Les études récentes réalisées sur une poignée d’entre elles ont révélées l’existence d’un « code invisible », affectant l’expression génique et les grandes fonctions biologiques, dans un contexte physiologique et pathologique.
La plupart des modifications de l’ARN sont conservées dans l’ensemble des organismes vivants.
Sa potentialité de découverte de nouveaux biomarqueurs de diagnostic, de pronostic et de suivi thérapeutique (Cancer, Neurobiologie).

Le projet SMART (2019-2021), porté par l’Université de Montpellier et le CHU, co-dirigé par le Pr. C. Hirtz (UM/CHU) et le Dr. Alexandre David (IGF), a été financé par la région Occitanie (PRRI) avec les fonds européens pour le développement régional (financement FEDER) à hauteur de 981 433€. Ce projet comprend un chef de projet pour 3 ans (Mme Aurore Attina) et un spectromètre de masse TQ dédié à la réalisation des analyses.

Ce projet PPC-SMART vise donc à développer des méthodes de détection et de quantification par spectrométrie de masse de modifications de l’ARN – prestation unique France – à partir d’échantillons de divers origines (humaine, animale et végétale).

Actuellement, nous détectons 4 nucléosides et 26 nucléosides modifiés au cours d’une analyse LC-MRM de 30 minutes. Et nous continuons à agrémenter cette méthode de nouvelles modifications selon les besoins.

Acronymes	Nom	Localisation connue ⁽¹⁾	Phylogénie ⁽¹⁾
A	Adénosine	all	Archaea, Eubacteria, Eukaryota
Am	2′-O-méthyladénosine	rRNA, snRNA, snoRNA, tRNA	Eubacteria, Eukaryota
m6A	N6-méthyladénosine	mRNA, rRNA, snRNA, tRNA	Eubacteria, Eukaryota
m6Am	N6-2′-O-diméthyladénosine	snRNA	NA
m1A	N1-méthyladénosine	rRNA, tRNA	Archaea, Eubacteria, Eukaryota
m6,6A	N6, N6-diméthyladénosine	rRNA	Eubacteria, Eukaryota
m6,6Am	N6, N6, 2′-O-triméthyladénosine	NA	NA
I	Inosine	tRNA	Eubacteria, Eukaryota
C	Cytidine	all	Archaea, Eubacteria, Eukaryota
Cm	2′-O-méthylcytidine	rRNA, snRNA, tRNA	Eubacteria, Eukaryota
m3C	3-méthylcytidine	tRNA	Eukaryota
m5C	5-méthylcytidine	mRNA, other, pre-tRNA, rRNA, tRNA	Eubacteria, Eukaryota
hm5C	5-hydroxymethylcytidine	NA	NA
ac4C	4-acetylcytidine	rRNA, tRNA	Eubacteria, Eukaryota
G	Guanosine	all	Archaea, Eubacteria, Eukaryota
Gm	2′-O-méthylguanosine	rRNA, snRNA, tRNA	Eubacteria, Eukaryota
m1G	N1-méthylguanosine	rRNA, tRNA	Archaea, Eubacteria, Eukaryota
m7G	N7-méthylguanosine	rRNA, tRNA	Eubacteria, Eukaryota
m2,7G	N2,7-diméthylguanosine	NA	Eukaryota
m2,2,7G	N2,N2,7-diméthylguanosine	NA	Eukaryota
oxo8G	8-oxoguanosine	NA	NA
U	Uridine	rRNA, tRNA	Archaea, Eubacteria, Eukaryota
Um	2′-O-méthyluridine	rRNA, snRNA, snoRNA, tRNA	Archaea, Eubacteria, Eukaryota
m3Um	3,2′-O-diméthyluridine	NA	NA
ncm5U	5-carbamoylméthyluridine	tRNA	Eukaryota
mcm5U	5-methoxycarbonylméthyluridine	tRNA	Eukaryota
mcm5s2U	5-methoxycarbonylméthyl-2-thiouridine	tRNA	Eukaryota
Ψ	Pseudouridine	rRNA, snRNA, snoRNA, tRNA	Archaea, Eubacteria, Eukaryota
q	Queuine	NA	NA
Q	Queuosine	tRNA	Eubacteria, Eukaryota

⁽¹⁾MODOMICS: a database of RNA modification pathways. 2017 update

Une nouvelle doctorante

20 Jan 2020

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Aurore Attina

INGÉNIEURE EN SPECTROMÉTRIE DE MASSE - RESPONSABLE DU PROJET SMART

“Bonjour à tous, je suis ingénieure en spectrométrie de masse et j’ai intégré la PPC comme responsable du projet SMART. Mon rôle est le développement et la mise en place de méthodes pour la détection et la quantification des modifications de l’ARN.”

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Amandine Amalric

PhD student

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